Sí. En el mismo sentido en que la comunión no es un acto de canibalismo, la transubstanciación no afecta tu posición como vegano.
La clave es que los católicos creen en la presencia real de Cristo . En el momento en que el pan y el vino se convierten en el cuerpo y la sangre, las preocupaciones sobre las concepciones físicas y (en este caso) simbólicas del anfitrión son inconsecuentes. Literalmente es el cuerpo y la sangre en este punto, estás a punto de aceptar un sacramento, no estás haciendo esto de ninguna otra manera sino como una fe católica que afirma. Participar de la Eucaristía es una cuestión de fe, no de ideología dietética.
Además de la respuesta de Joshua Engel, es una práctica común para los católicos intolerantes al gluten tomar la comunión en la forma de la sangre de Cristo (aunque, para ser honesto, no estoy seguro de lo que sucede en el caso de un católico que es ambos intolerante al gluten y al alcohol).
