El calor de microondas (a diferencia de otro calor) no cambia significativamente el contenido nutricional de ningún alimento. Es solo una fuente de calor, funciona causando fricción entre las moléculas de agua, principalmente. Si el calor, en general, cambiaría el contenido nutricional (lo que sucede), entonces el calor de microondas lo hará, sí. Pero en ese caso, también calentaría o herviría el horno, etc.
Si el calor en general no cambia el contenido nutricional de algo, entonces el calor de microondas específicamente tampoco lo hará.
La única vez que puedo pensar en dónde la fuente del calor podría cambiar significativamente la nutrición de algo sería si el calor es extremadamente desigual. Como en una temperatura muy alta abrasadora en una sartén de hierro fundido o parrilla rugiente, o similar, en esa situación, el calor extremo en una superficie puede causar cambios químicos en la capa superficial de la comida que un calor más bajo y uniforme no haría (porque algunas reacciones requieren un calor muy alto de cientos de grados), lo que podría potencialmente cambiar el perfil nutricional de los alimentos en comparación con un calor uniforme.
De todos modos, si confías en comer huevos hervidos, que es una forma de calentamiento bastante uniforme donde el huevo se mantiene a una temperatura baja, deberías sentirte cómodo comiendo huevos que están en el microondas, que es una forma de calentamiento bastante uniforme donde el huevo se mantiene a una temperatura baja en todo momento.