Saben bastante diferente y son buenos para cosas diferentes.
La hierba de eneldo es una hierba de hoja blanda, buena para mezclar en usos fríos o para saltear cuando se quiere agregar una nota verde fresca.
La semilla de eneldo requiere una cocción más prolongada para obtener el sabor, y tiene (para mí, al menos) una hierba almizclada y terrosa que es buena en guisos u otros usos húmedos a largo cocido.