Básicamente lo mismo que la diferencia entre el sake y el whisky. Uno está hecho de vino de arroz mientras que el otro está hecho de licor destilado. Ambos toman el alcohol inicial y lo fermentan, por lo que prácticamente todo, excepto el alcohol, es el mismo.
Cualitativamente, el vinagre de arroz es más dulce y más suave en sabor, particularmente japonés.