¿La tarta de manzana al horno encima de la tarta de queso lo estropea?

Bueno, dado que la mezcla de pastel de queso es básicamente líquida antes de hornear, si le agregas un relleno de pastel de manzana … se hundirá hasta el fondo de la bandeja de pastel de queso y obtendrás … pastel de queso de manzana gruesa?

No suena mal, pero supongo que el resultado que está buscando es llenar el pastel de queso.
En ese caso, sí, hornee la tarta de queso primero, espere a que se enfríe, desmolde, cocine el relleno de manzana y rocíelo encima como lo haría con cualquier otra salsa de pastel de queso.