Difícil de decir sin saber lo que estás haciendo cuando horneas el pastel. Algunas cosas que pueden estar sucediendo:
La corteza se está reduciendo porque no estás ciega horneando antes de llenarla con la crema pastelera.
Es posible que esté sobre hornear la crema pastelera. El pastel de calabaza y otras tartas tipo natillas necesitan hornearse hasta que estén hechas alrededor del exterior, pero todavía un poco tambaleantes en el centro. Si lo cocina a una temperatura demasiado alta o lo hornea por mucho tiempo, se cuajará o encogerá.
Es posible que necesite ajustar las proporciones en el relleno de calabaza, dependiendo de si está usando puré de calabaza en conserva o calabaza fresca. Obtendrá los mejores resultados asando un par de calabazas de tarta, haciéndolas puré en un procesador de alimentos y luego midiendo lo que necesita para hacer el pastel. El tostado carameliza la carne para darle más sabor y elimina parte de la humedad, lo que hace que la presentación sea más sabrosa.