Depende de qué tan profunda puede penetrar la radiación para excitar las moléculas de agua.
Algunos alimentos parecen calentarse más o menos uniformemente, otros parecen tener problemas con eso.
Creo que podría depender de cuánto sea el coeficiente de absorción de la radiación para un alimento en particular. El posicionamiento de la comida y cómo se distribuye la radiación también importa.
Los alimentos dentro de un recipiente cerrado o semicerrado o envasados se calientan mejor a medida que se forma vapor dentro del recipiente y ayudará a calentar la comida de manera más uniforme. Es por eso que la mayoría de las cenas de microondas le dan instrucciones para abrir un pequeño orificio en el paquete o simplemente abrirlo levemente cuando lo calienta, para evitar que el paquete explote por la presión del vapor pero aún tenga suficiente vapor para cocinarlo.