Cuando cocinas demasiado los huevos (en tu caso demasiado hervidos) durante más tiempo de lo necesario, entonces las yemas tienden a tener una apariencia grisácea (como se evidencia en tu imagen), así que no te preocupes, no es una falta de yema sino simplemente un caso de huevos cocidos
La imagen de arriba muestra cambios en el color de la yema que cambia de amarillo a gris al aumentar la duración de la ebullición.