Depende de qué está hecho el matraz. Plástico o vidrio, no hay problema. Las microondas agregan energía a las moléculas de agua y las cosas se calientan. Esto significa que si pones un termo de plástico, déjalo sin sellar, ya que puede explotar y hacer un verdadero desastre.
Un termo estándar no calienta el fluido en el interior. El exterior puede calentarse, o arquearse a las paredes del microondas dañándolas.