¿Las microondas tienen enlaces de hidrógeno o enlaces covalentes en el agua?

¿Directamente? Ninguno. Las microondas excitan los modos de rotación de las moléculas de agua; como resultado, se rompen los enlaces de hidrógeno, pero el simple movimiento térmico de las moléculas de agua ya está haciendo eso.

La razón por la cual las microondas calientan el agua se debe a que la energía de rotación extra resulta rápidamente en colisiones intermoleculares, elevando la energía cinética de las moléculas (energía térmica).

Para interrumpir los enlaces covalentes en agua sin utilizar algún reactivo químico activo, debe elevar la temperatura a más de 1000 C.