No lo hagas! Mira la puerta de tu microondas. La placa perforada que ves es para protegerte de las microondas. También hay otros dispositivos de seguridad. También hay una antena para enfocar el rayo. Ninguno de estos estará en su lugar si quita el magnetrón de la unidad. Las microondas pueden cocinar más que el café y las palomitas de maíz. En algunos casos, a una crujiente. ¿Alguna vez ha explotado un huevo dentro de su microondas? ¿Estás seguro de que quieres eliminar esa energía de un entorno controlado?
¿Tiene experiencia en electrónica, física u otro campo relacionado? Si no, tal vez deberías considerar un proyecto diferente o contratar a un compañero que sí lo haga.