Tienes tres opciones básicas.
Primero, he escuchado que en el negocio de restaurantes, un plato principal cuesta aproximadamente 4 veces el costo de los ingredientes en bruto utilizados para hacerlo. Los productos horneados tienden a tener ingredientes más baratos y necesitan más personal, por lo que quizás un múltiplo 5x o 6x funcione mejor.
También podría, como una variación de la sugerencia de Beth Goldowitz, calcular su costo mensual total para toda la operación: alquiler, salarios, servicios públicos, seguros, ingredientes crudos, impuestos, luego divida por el número de cupcakes que espera vender y allí tiene una buena estimación
La tercera opción es la más simple: alinearse con la competencia y ajustar según sea necesario. Si todas las panaderías de tu área le dan un precio aproximado de $ 5 por porción, entonces deberás ir desde allí y a) agregar 50 c porque tus magdalenas son súper lindos y vienen en una caja hermosa, o b) reducir mis 50 c porque los cupcakes son en realidad simplemente muffins básicos con un glaseado demasiado azucarado sin interés culinario.